In der Zwischenzeit die Butter in einem Topf zerlassen und das Mehl unter ständigem Umrühren andünsten. Mit der Milch langsam ablöschen bis eine cremige dickflüssige Soße entsteht.
Die Soße mit Pfefer und Salz und etwa 1/2 TL getrocknetem Thymian würzen und 10 Minuten unter häufigem Umrühren kochen lassen.
Den Bachofen auf 180 ° Umluft vorheizen.
Alle Zutaten mit der Hälfte des Parmesan in der gefetteten Auflaufform mischen.
Mit dem Rest Parmesan und dem Gouda bestreuen.
Den Auflauf 30 Minuten im Backofen auf der mittleren Schiene backen.